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(troque iso-8859-1 com o conjunto de caracteres a partir do qual você está convertendo) (Veja se a saída é o esperado)

# iconv -f iso-8859-1 -t utf-8 nomedoarquivo

Converta um arquivo, você deve criar outro arquivo

# iconv -f iso-8859-1 -t utf-8 nomedoarquivo > novoarquivo
$ iconv -f UTF-8 -t ISO-8859-1 arquivo-utf > arquivo-iso
$ iconv -f ISO-8859-1 -t UTF-8 arquivo-iso > arquivo-utf


$ mkdir temp; for i in *.html; do iconv -f iso-8859-1 -t utf-8 "$i"> temp/"$i"; done